食品衛生などの汚染指標菌とされています。
動物の糞や下水、汚物などに生活する菌であるため、これらの大腸菌群から検出される菌の種類や数で、腸管系病原菌に汚染されていること、および食品の調理・加工時の衛生管理が徹底されていないこと、特に加熱後の二次汚染があったことを判断する指標に用いられています。

主な感染源：あらゆる食品が原因食となり得ますが、穀類やその加工食品による食中毒が非常に多く、にぎりめしがその４割を占めています。